Использование тестов на ковид в Англии, подходящих для выявления вариантов SARS-COV-2.

Анализ должен быть полуколичественным и включать как минимум 2 различимых гена-мишени SARS-COV-2, не включая ген S или контрольные контроли производительности.

Анализ должен амплифицировать более 1 гена-мишени в разных регионах, и каждая генная-мишень должна быть идентифицирована как отдельное значение CT или эквивалент.

Должен включать стандартную гарантию in silico в отношении вариантов, вызывающих озабоченность.

Поставщик должен проводить как минимум раз в две недели проверку области амплификации и зондов праймеров на предмет новых проблемных вариантов, о которых сообщает GISAID или UKHSA, и сообщать (в течение 48 часов) о новых вариантах, которые влияют на область-мишень амплификации, включая праймеры, пробы и ампликон.

Тестовый раствор должен содержать экстрагированную нуклеиновую кислоту, подходящую для секвенирования всего генома с использованием указанного метода.

19. Целевые методы секвенирования.

Секвенирование должно выполняться с использованием метода целевого секвенирования, специфичного для SARS-CoV-2, или эквивалентных методов захвата ампликона или последовательности приманки.

Ампликон определяется как амплифицированный продукт реакции ПЦР .

Захват последовательности приманки - это метод обогащения образца интересующей мишени перед секвенированием с использованием длинных одноцепочечных нуклеотидных последовательностей «приманок», которые связываются с комплементарной последовательностью в мишени.

20. Предоставление данных в MHRA, подтверждающих возможность секвенирования вариантов.

Провайдер должен гарантировать, что производители тестов предоставляют в MHRA данные, демонстрирующие пригодность устройства для выявления проблемных вариантов SARS-CoV-2.

21. Секвенирование образцов со значением CT <30

Все образцы со значениями порога цикла (CT) <30 (что соответствует ~ 10 000–1 000 копий вирусного генома / мл) должны быть секвенированы.

22. Охват секвенирования генома

Процент целевых баз, которые должны быть упорядочены определенное количество раз, указан ниже в виде ширины охвата:

1. Все геномы SARS-CoV-2 должны иметь минимальное покрытие секвенированием, составляющее 50%, при> = 30-кратном охвате.
2. Для образцов с CT <20, определяемым как количество копий вирусного генома, эквивалентное <1 000 000 копий вирусного генома на мл, 95% образцов должны иметь охват эталонного генома> 97% при> = 30-кратном охвате.
3. Для CT выше 20, определяемого как эквивалент числа копий вирусного генома> 1000 на мл, 95% образцов должны иметь охват эталонного генома> 75% при> = 30-кратном охвате.

23. Загрузка файлов данных

Лаборатории секвенирования должны отправлять все файлы, содержащие считывания, совпадающие с эталонным геномом SARS-CoV-2 (с удаленными невыровненными и человеческими считываниями).

Загрузка всех файлов секвенированных образцов потребуется с 15 марта.

В ближайшее время будет предоставлена дополнительная информация о передаче всех файлов в UKHSA .

24. Сохранение и транспортировка исследуемого материала.

Провайдер должен сохранять и транспортировать тестовые материалы для поддержки секвенирования.

25. Удаление человеческих чтений

Провайдер должен иметь процесс удаления операций чтения человеком из любых данных, отправленных в общедоступный репозиторий.

26. Наличие образцов для двойного секвенирования.

Поставщик должен предоставить образцы для двойного секвенирования по запросу NHS Test and Trace или COVID-19 UK Genomics Consortium (COG-UK) и участвовать в процессах подтверждения по запросу.

27. Срок выполнения работ

Лаборатории ПЦР должны сообщать обо всех результатах ПЦР в UKHSA и отдельному лицу в течение 48 часов после получения теста в диагностическую лабораторию.

Для ПЦР - лабораторий , которые не имеют свои собственные возможности геномного секвенирования, они должны переносить положительный образец их секвенирования лабораторию в течение 24 часов с положительной ПЦР результат вызывается.

Все лаборатории секвенирования должны сообщать обо всех результатах секвенирования генома в UKHSA в течение 120 часов после получения исходного положительного результата. Они должны сообщать обо всех файлах, содержащих все считывания, совпадающие с эталонным геномом SARS-CoV-2 с невыровненными и удаленными считываниями человека, для отправки в UKSHA в течение 120 часов после получения исходного положительного результата вместе с достаточными метаданными для воспроизведения анализ, который дал результаты.

28. Требования к биоинформатику.

Провайдер должен иметь биоинформатика, контролирующего секвенирование генома. Тот же человек, который выполняет функции медицинского директора и / или клинического наблюдателя, также может выполнять эту роль.