Результаты этих интервью выявили конкретные проблемы и потенциальные возможности для борьбы со вспышками.
Традиционное отслеживание контактов в качестве основного контрольного вмешательства в этой конкретной группе будет затруднительным, поскольку в большинстве случаев сообщалось о сексуальных контактах с новыми или случайными партнерами, иногда в контексте круизов или во время химсекса, часто когда контактные данные были недоступны для отслеживания.
Службы сексуального здоровья (SHS) были определены как потенциальные условия для проведения оппортунистических мер контроля, таких как вакцины, поскольку существуют установленные связи между людьми, подверженными риску заражения, и этими службами. Большинство случаев были отрицательными в отношении вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), и 91% (29 из 32) из них были связаны с SHS для проведения доконтактной профилактики ВИЧ (ДКП). Все пациенты, живущие с ВИЧ, были связаны с лечением ВИЧ-инфекции и получали лечение; при этом более 90% сообщают о неопределяемой вирусной нагрузке.
Из опрошенных 44% (20 из 45) сообщили, что в инкубационный период посещали места секса в помещении в Великобритании или за границей, такие как сауны, темные комнаты или секс-клубы. Таким образом, сотрудничество с местами секса на территории для реализации целевых мероприятий будет способствовать борьбе со вспышками. В меньшинстве случаев сообщалось о сексуальной активности на международных фестивалях или мероприятиях. Тем не менее, 36% (16 из 45) не сообщали о посещении каких-либо мест, фестивалей или мероприятий, посвященных сексу в помещении, за 3 недели до появления симптомов, что указывает на необходимость более широких вмешательств, охватывающих все GBMSM в этих сексуальных сетях.
Широко использовались приложения для геопространственных знакомств: 64% (28 из 45) случаев сообщили о встрече с новыми партнерами в течение инкубационного периода с использованием таких приложений, что указывает на то, что они, вероятно, являются полезными платформами для распространения сообщений о здоровом образе жизни или поддержки инновационных подходов к контакту. отслеживание.
Результаты этих ранних быстрых опросников по сексуальному здоровью имеют некоторые ограничения. Вполне возможно, что те, кто участвовал в интервью, имели другое сексуальное поведение и риски, чем те, кто отказался от участия. При сравнении опрошенных и неинтервьюированных случаев не было выявлено существенных различий по возрасту, региону проживания или сообщаемому анамнезу путешествий. Тем не менее, эти результаты могут не отражать всю вспышку из-за предвзятости участия и меняющихся моделей передачи, что влияет на их обобщаемость. Анализ текущих тематических интервью покажет, меняются ли эти модели; например, доля случаев, которые не сообщают о сексуальной активности или посещении фестивалей и мероприятий.
Часть 3. Геномика
3.1 Секвенирование и биоинформатика
Оспа обезьян кодирует геном двухцепочечной дезоксирибонуклеиновой кислоты ( ДНК ) длиной примерно 197 т.п.н. со средним содержанием гуанина-цитозина ( GC ) 33%. Он содержит 190 кодирующих последовательностей. Геномы оспы обезьян имеют консервативную центральную область, содержащую гены домашнего хозяйства, с дополнительным геномом, расположенным на концах, с типичным инвертированным терминальным повтором на каждом конце.
Структура генома оспы обезьян создает некоторые проблемы для точной реконструкции; геном содержит длинный (примерно 6,5 т.п.н.) инвертированный тандемный повтор, который трудно разложить на отдельные копии с помощью методов короткого чтения. Низкий GC генома приводит к появлению длинных гомополимерных участков поли-A/T, которые трудно точно секвенировать. Кроме того, локальные тандемные повторы разбросаны по всему геному, что может создавать проблемы при сборке.
Медленная скорость эволюции и недавний общий предок текущей вспышки делают геномную эпидемиологию в короткие промежутки времени зависимой от надежной реконструкции последовательности для точных выводов: это может быть выше достижимой точности платформ секвенирования из-за длины считывания или точности консенсуса и потребует характеризации. и регулярная проверка. Дополнительным опасением для геномной эпидемиологии является возможность разнообразия внутри хозяина как внутри очагов, так и между ними. Определение этого разнообразия необходимо для информирования об использовании геномики при анализе вспышки.
Точная реконструкция генома зависит от достижения достаточной глубины и широты охвата. До сих пор последовательности генома были созданы в основном с помощью метагеномных подходов, которые секвенируют содержимое клинического образца без нацеливания. Осуществимость метагеномных подходов для создания полезных последовательностей обычно ограничивается соотношением прочтений хозяина и вируса в образце, которое можно частично смягчить с помощью подходов очень глубокого секвенирования.
Опыт Великобритании показывает, что с помощью этого метода можно достичь хорошего охвата генома до порогового значения цикла ( Ct ) около 20, при этом частичные геномы наблюдаются до Ct 25. Это означает, что невозможно будет секвенировать все случаи, используя этот метод. подход. В будущем целевые методы, такие как захват приманки или методы ампликона, могут повысить чувствительность секвенирования и, таким образом, увеличить выход секвенирования. Однако, учитывая, что методы метагеномики не являются целевыми, они могут быть благоприятными, в то время как разнообразие вспышек остается неопределенным. Другие меры физического обогащения могут повысить чувствительность метагеномики. Обогащение также может быть достигнуто за счет изоляции культуры, но это может привести к ложным мутациям и не рекомендуется в качестве основного подхода.
Принимая во внимание эти проблемы, мы рекомендуем:
- как данные чтения последовательности, так и консенсусные последовательности должны быть общими, чтобы обеспечить согласованные подходы к биоинформатике.
- следует использовать консервативный подход к вызову вариантов, избегая повторяющихся и несложных областей.
- биоинформатические подходы должны быть настроены для конкретного типа данных и перекрестно проверены между подготовкой образцов, платформами для секвенирования и методами сборки.
- комбинированный эпидемиологический и геномный анализ будет необходим для достоверной интерпретации мелкомасштабных филогений.
Начался обмен британскими геномными данными с Genbank.
3.2 Биологические последствия открытий генома
Текущий штамм оспы обезьян в Великобритании содержит 48 одиночных мутаций в своем геноме по сравнению со штаммом оспы обезьян в Великобритании 2018 года. Двадцать семь из этих мутаций молчат в том смысле, что они не изменяют ни один из вирусных белков. Двадцать одна мутация вызывает изменения в вирусных белках.
В нашей оценке мутации классифицируются как низко-, средне- и высокоприоритетные для исследования на основании известной функции вирусных белков. Эти оценки основаны на эффекте полного удаления этих белков из вируса. Важно уточнить, что в настоящее время мы не можем предсказать эффект одиночных мутаций по сравнению с полными делециями белка. Есть 2 мутации низкого приоритета:
- C9L (R48C): агонист интерферона, при удалении вирус хуже реплицируется в присутствии интерферона.
- A46L(H221Y): Фактор вирулентности, делеция гена снижает вирулентность вируса у мышей.
Имеются 4 мутации со средним приоритетом:
- C23L (S105L): белок, связывающий хемокины, удаление этого гена из вируса увеличивает тяжесть заболевания у кроликов.
- C22L (S54F): белок, подобный рецептору фактора некроза опухоли ( TNF ) - делеция может усилить патологию легких у мышей .
- C19L (D266N): белок анкириновых повторов (функция неизвестна - может быть диапазон хозяина или вирулентность)
- F13L (E353K): мишень противовирусного препарата тековиримат. Было показано, что устойчивость к тековиримату обусловлена одной мутацией в F13L (G277C).
Есть 3 мутации в одном белке, которые классифицируются как высокоприоритетные:
- B21/B22(D209N, P722S, M1741I): ингибитор Т-клеток, также обнаруживаемый при коровьей оспе, оспе верблюдов и лошадиной оспе, введение этого белка в невирулентные штаммы коровьей оспы увеличивало тяжесть заболевания и смертность у крыс.
В то время как мутации клады вспышки распределены по всему геному, существует небольшое подмножество мутаций в белках, которые участвуют в передаче вируса, его вирулентности или взаимодействии с противовирусными препаратами. Структурное моделирование необходимо для оценки влияния отдельных мутаций на белки.
Часть 4. Трансмиссионная динамика
На этой ранней стадии вспышки возможность сделать вывод о лежащей в основе динамике передачи ограничена. Оценка текущего количества активных случаев в значительной степени зависит от предположений об установлении случаев, не связанных с GBMSM .
Число воспроизводства, R, очень неопределенно, особенно из-за стохастического характера передачи и правдоподобных значений сверхдисперсии. Кроме того, возможно, вспышка могла повлиять на поведение пострадавшего населения. Хотя кажущееся плато заболеваемости, показанное на рис. 1 , может указывать на замедление передачи, повторное заполнение случаев (т. е. сообщения о случаях сегодня, у которых первые симптомы появились несколько недель назад из-за задержки в установлении первоначальных случаев) означает, что текущая траектория заболеваемости неопределенна. . Средняя задержка между появлением симптомов и появлением случаев в UKHSAданные 10 дней. Однако была зарегистрирована максимальная задержка более 5 недель, связанная с выявлением случаев заболевания и повторным тестированием остаточных образцов. Траектория эпикривой (на рисунке 1 ) должна стать более ясной в ближайшие недели.
При подготовке к дальнейшей работе по моделированию UKHSA приступила к оценке различных параметров заболевания.
4.1 Серийный интервал
Текущий серийный интервал для оспы обезьян в Великобритании был оценен с использованием цензурированной модели с двойным интервалом с поправкой на правое усечение ( Ward and Johnsen, 2021 , Overton and Ward, 2021) .
Были проанализированы семнадцать подходящих пар экспонент-экспонент с известными датами появления симптомов. Без поправки на усечение справа в данных, где в конце временного ряда отсутствуют более длинные последовательные интервалы, среднее время последовательного интервала составляет 6,4 дня (95% достоверный интервал (ДИ) от 4,8 до 8,9), см. Рисунок 2a . После поправки на усечение справа среднее время серийного интервала оценивается в 9,8 дня (95% ДИ от 5,9 до 21,4), как показано на рисунке 2b .
Из-за небольшого размера выборки в настоящее время существует высокая неопределенность в среднем серийном интервале, особенно при попытке исправить усечение справа (см. Рисунок 3 ).
Рисунок 2. Оценки среднего значения и стандартного отклонения серийного интервала оспы обезьян в Великобритании.
Моделирование с двойной цензурой интервалов а) среднего значения серийного интервала и стандартного отклонения с 95% ДИ и б) с поправкой на усечение вправо среднего значения серийного интервала и стандартного отклонения с 95% ДИ.
Дополнительные данные по этим цифрам отсутствуют.
Рисунок 3. Распределение серийных интервалов оспы обезьян из модели с двойной цензурой интервалов, скорректированной для усечения справа
Дополнительные данные для этого рисунка отсутствуют.
Источники и благодарности
Источники данных
Результаты ПЦР вируса оспы обезьян ежедневно представляются в UKHSA Лабораторией редких и завезенных патогенов, Портон. Данные о людях с положительным результатом теста с 6 мая 2022 года дополняются демографической информацией, информацией о симптомах и воздействии, полученной из системы управления делами UKHSA Health Protection Team (HPZone) или собранной в ходе подробных опросов пациентов.
Авторы этого отчета
Шарлотта Андерсон, Каролина Аревало, Соория Баласегарам, Джессика Бриджен, Хлоя Байерс, Мира Чанд, Ханна Чарльз, Рэйчел Кристи, Фергус Камминг, Паула Бломквист, Кэти Ренн, Ирэн Гонсалвес, Сьюзан Хопкинс, Николас Ломан, Джейсон Мерсер, Изабель Оливер, Кристофер Овертон , Матео Прохазка, Стивен Райли, Циан Райан, Генри Симкинс, Амуля Вусирикала, Томас Уорд, Уильям Уэлфар.
Авторы
Ячейка данных, эпидемиологии и аналитики UKHSA
Исследовательская и научная ячейка UKHSA
Ячейка моделирования UKHSA
Анализ общественного здравоохранения UKHSA Genomics
Контактная группа UKHSA по вопросам сексуального здоровья
Группа управления инцидентами , связанными с оспой обезьян UKHSA
Благодарности
Авторы благодарны тем командам и группам, которые предоставили данные для этих анализов, в том числе:
- Британская ассоциация ВИЧ
- Британская ассоциация сексуального здоровья и ВИЧ
- Международный консорциум по тяжелым острым респираторным и новым инфекциям ( ISARIC )
- Услуги сексуального здоровья
- NHS Англии и улучшение
- Сеть по инфекционным заболеваниям с тяжелыми последствиями
- Общественное здравоохранение Шотландии
- Общественное здравоохранение Уэльса
- Агентство общественного здравоохранения, Северная Ирландия
- Бирмингемский университет
Последние данные UKHSA о вспышке обезьяньей оспы
Агентство по безопасности здравоохранения Великобритании (UKHSA) опубликовало новые подробности о вспышке обезьяньей оспы в Великобритании в эпидемиологическом обновлении с данными по состоянию на 30 мая.
Вспышка оспы обезьян: эпидемиологические данные
Нынешняя вспышка — это первый случай передачи вируса от человека к человеку в Англии, где не было выявлено туристических связей с эндемичной страной.
Из 190 подтвержденных случаев, выявленных с 6 по 30 мая, 183 были в Англии, 4 — в Шотландии, 2 — в Северной Ирландии и 1 — в Уэльсе.
В Англии 86% случаев приходится на жителей Лондона (132 из 153) и только 2 женщины. Большинство случаев оспы обезьян произошло у людей в возрасте от 20 до 49 лет (87%). Известно, что сто одиннадцать случаев были геями, бисексуалами или другими мужчинами, имеющими половые контакты с мужчинами ( GBSMM ).
О недавних зарубежных поездках в ряд различных стран Европы в течение 21 дня после появления симптомов сообщили 34 подтвержденных случая (18%). На сегодняшний день расследования выявили ссылки на гей-бары, сауны и использование приложений для знакомств в Великобритании и за рубежом. Расследования продолжаются, но в настоящее время не выявлено ни одного фактора или воздействия, связывающих эти случаи.
UKHSA быстро сотрудничала с партнерами, включая Британскую ассоциацию сексуального здоровья и ВИЧ (BASHH), Британскую ассоциацию по ВИЧ, Фонд Терренса Хиггинса, Stonewall и приложение для знакомств Grindr, чтобы общаться со службами сексуального здоровья и сообществом GBMSM . Организаторам ЛГБТ-консорциума и прайда по всей Великобритании было предложено помочь поделиться сообщениями общественного здравоохранения в течение следующих нескольких недель.
Доктор Мира Чанд, директор отдела клинических и новых инфекций в UKHSA , сказала:
В Лондоне просветительская деятельность включала работу с владельцами площадок и организаторами мероприятий.
Профессор Кевин Фентон, региональный директор Лондонского отдела общественного здравоохранения, сказал:
Бригады охраны здоровья UKHSA связываются с людьми, которые могут быть контактами высокого риска с подтвержденными случаями. Эти контакты будут оценены на предмет риска, и, если они останутся здоровыми, им будет рекомендовано изолироваться дома на срок до 21 дня. В дополнение к изоляции UKHSA предлагает вакцину Imvanex людям, которые имели или могут иметь контакт (например, медицинские работники) с подтвержденным случаем обезьяньей оспы, чтобы снизить риск заражения и тяжелого заболевания.
Расследования продолжаются, и UKHSA будет публиковать еженедельные обновления для партнеров и общественности с последними номерами дел и результатами.
Чтобы получить больше информации:
Фон
Таблица 1: Количество лабораторно подтвержденных случаев оспы обезьян по регионам проживания, Англия, с 6 по 30 мая 2022 г. (n=183)
*адрес еще не подтвержден
До этой вспышки в Великобритании в период с 2018 по 2021 год было зарегистрировано 7 случаев оспы обезьян. Четыре из них были завезены, 2 случая были в бытовых контактах с подтвержденными случаями, и 1 случай был у медицинского работника, занимавшегося уходом за больным. импортный кейс.
Пресс-служба Агентства здравоохранения Великобритании
Нобелевский дом
17 Смит-сквер
Лондон
SW1P 3JR
Эл. адрес[email protected]
телефон020 7654 8400
В нерабочее время020 8200 4400
Поделиться этой страницей
ПоделисьФейсбук
ПоделисьТвиттер